(1)催化剂磨损问题
部分投运的脱硝催化剂磨损的原因主要有：1)催化剂孔内流速过高，普遍在7m/s以上，个别超过8m/s，催化剂不耐磨，经验不足，降低造价；2)烟气粉尘浓度高，超过30~40g/m³的较多，煤质恶劣，人为因素多；3)流场问题，流场模拟技术水平低。
(2)电站锅炉低负荷基本不脱硝问题突出
由于煤种和催化剂设计的原因，喷氨设计的温度较高，因此在锅炉低负荷烟气温度降低时，不喷氨不脱硝。主要原因是烟气含硫分高，为防止SO3与氨生成硫酸氢铰沉积而堵塞下游设备。当发电机组不能满负荷运行或处于低负荷运行时，烟气温度不能达到最佳的喷氨温度，也就不能使SCR脱硝催化剂达到最佳NOx转化率，为保证锅炉除尘器全烟气脱硫脱硝的要求，脱硝系统持续低效率运行就造成了脱硝装置的浪费。因此，该问题也是影响火电脱硫脱硝除尘器系统化的问题之一。
(3)废弃催化剂处理问题紧迫
近年来，燃煤电厂烟气脱硝装置迅猛增加，导致了脱硝催化剂的市场需求量和在线运行量爆发式增长。根据中国电力企业联合会的估计，预计“十二五”末，运行脱硝脱硫除尘器装置的火电机组将达到7亿千瓦，55万~60万立方米脱硝催化剂在线运行；“十三五”以后，将有10亿千瓦火电装机容量安装脱硝装置，80万~90万立方米脱硝催化剂在线运行。因脱硝催化剂的使用寿命一般为3年，按照脱硝催化剂的运行更换规律，预计从2014年开始，失效脱硝催化剂将会大量退役淘汰，并逐年增加，预计2020年后的废弃脱硝催化剂量将稳定在20万~25万立方米/年。
由于脱硝催化剂包含V2O5、WO3等重金属成分，属于国家认定的危险废弃物，且目前国内尚无处理经验，因此，每年淘汰的大量废弃催化剂如不能进行妥善处置，势必会对环境造成巨大的二次污染，同时也会造成催化剂中贵重金属资源的浪费。
(4)氨逃逸率的在线刚定问题
氨逃逸率是控制脱硝反应器运行的重要指标。然而，氨逃逸率在线测定一直存在测定不准确的问题，影响了反应器的运行控制。
(5)SCR催化剂产能过剩的隐忧
2013年，国内的各催化剂厂纷纷扩建。据不完全统计，2013年底国内脱硝催化剂总产能已超过35万立方米/年。
2014年国内烟气脱硝的需求高峰将出现下降，与2013年相比，各集团拟开工的SCR脱硝装置数量下降幅度较大。预计在2015年后，国内的SCR脱硝装置基本改造完毕。国内脱硝催化剂的需求将进入更换+新建的局面，每年新建+改造的脱硝机组难以超过7000万千瓦，即使加上更换的需求数量，每年燃煤电站行业脱硝催化剂的需求也难以超过30万立方米。2015年以后非电行业的催化剂市场需求也不乐观，在“十二五”以后，国内的脱硝催化剂市场将面临供过于求的局面。
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